Les vitesses de migration des colorants d'une même encre varient d'une bande de filtre à café à l'autre. Ces différences sont essentiellement dues au fait que les filtres à café sont constitués de fibres qui sont préférentiellement orientées dans une direction donnée. Cette direction, qui est la même pour tout le filtre, se repère facilement en regardant attentivement la surface (elle est généralement perpendiculaire à l'un des bords du filtre, comme indiqué sur la photo de gauche). Logiquement, la migration est plus lente quand le liquide migre perpendiculairement à la direction des fibres et plus rapide quand la migration se fait suivant cette direction (voir la photo de droite, sur laquelle les directions des fibres sont indiquées sur les ronds témoins par un trait noir).  Ce problème n'existe pas avec du papier buvard, dont les fibres ne présentent pas de direction d'orientation particulière.

Nous avons également testé l'influence de la température sur nos résultats. Nous avons pour cela effectué deux chromatographies de notre encre noire sur deux bandes de papier buvard trempées dans de l'eau salée mais dans des conditions de températures différentes :  eau et papier buvard à 27°C pour la bande du haut, à 5°C pour la bande du bas (chromatographie réalisée dans le réfrigérateur). On voit très clairement que la vitesse de migration des colorants augmente avec la température. Le fait de refroidir ou non le filtre à café avant d'effectuer la chromatographie ne modifie pas le résultat. Le choix du papier buvard permet d'éviter les problèmes d'orientation des fibres des filtres à café, qui compliquent les comparaisons d'une bande de filtre à café à une autre (voir le paragraphe précédent).